途径涉及多个关键基因

5、比较全基因组变异图谱及关键途径基因变化分析
全基因组变异图谱分析(WGMP),基因是组分结合每个样品的测序Reads对参考基因组的覆盖情况和SNP、InDel的比较分析结果,以参考序列为标尺,基因把Reads覆盖情况和SNP、组分InDel的比较分布情况展示到环形的变异图谱上。从图上可直观比较Reads薄盖度的基因高低与变异分析结果的分布情况(图6)
赤藓糖醇是戊糖磷酸途径(PPP途径)的代谢产物,途径涉及多个关键基因。组分通过全基因组变异图谱的比较数据深入分析,赤藓糖醇合成途径中的基因关键基因转酮酶TKL1(YALI0_E06479g)有两个碱基发生单核苷酸多态性(SNP)变化:位于染色体CR382131.1上739638、740216位的组分碱基,参考基因组为A、比较T,基因Yarrowia lipolytica BBE-I7为G、组分G,这分别对应转酮酶TKL1的第412位和220位氨基酸。染色体CR382131.1上739638位碱基变化后与原碱基对应的三联密码子是同义密码子,因此氨基酸没有变化。740216位碱基的变化,导致该酶第220位氨基酸由赖氨酸变为谷氨酰胺。赤藓糖还原酶ER(YALI0_F18590g)也有两个碱基发生单核苷酸多态性(SNP)变化:位于染色体CR382132.1上2483635、2483794位的碱基,参考基因组为G、C,Yarrowialipolytica BBE—17为C、T,但是这两个碱基的变化并没有引起赤藓糖还原酶ER的氨基酸序列发生变化。
四、结论与展望
通过比较基因组分析,可以从基因组全局角度了解菌株,然后细致分析与目标途径相关的基因变化。比较基因组结果显示,Yarrowialipolytica BBE—17整个基因组有8078个小片段插与缺失变化(InDel),4256个基因发生了单核苷酸多态性变化(SNP),129个基因组结构变异(SV),142个DNA拷贝数变异(CNV)。但是与赤藓糖醇合成途径(图7>直接相关的只发现有2个关键途径基因TKLi、ER发生单核苷酸多态性变化(SNP),并且仅有一个氨基酸发生改变。
从基因组结构变异和DNA拷贝数变化来说,基本全为缺失型,说明Yarrowialipolytica BBE—17部分代谢活动受到抑制,这可能在一定程度上促进了其赤藓糖醇代谢通路的增强。基于此可以推测:关键途径基因的单核苷酸多态性变化(SNP)并不是Yarrowialipolytica BBE—17菌株具备积累赤藓糖醇能力的主要原因,应该是基因组全局的组装差异使Yarrowialipolytica BBE—17的整体代谢网络与模式菌株不同,这也是目标代谢途径加强和目标产物积累的主要原因。
1998年Stemmer等人提出了基因组重排技术(Genomeshuffling),为分子育种开辟了一条新的思路,但是高随机性和高筛选难度限制了该技术的推广应用。覃重军等人将酵母的16条染色体合并为一条染色体,成功获得了单染色体酵母,为基因组理性编辑和理性基因组工程育种提供了可能。本文通过比较基因组学揭示的研究内容,不仅为进一步优化亚罗解脂酵母生产赤藓糖薛的能力提供信息参考,也向理性基因组工程育种技术的快速发展提出了期待。
声明:本文所用图片、文字来源于《中国食品添加剂》,版权归原作者所有。如涉及作品内容、版权等问题,请与本网联系。
相关链接:赤藓糖醇,磷酸,氨基酸
相关文章
- https://image11.m1905.cn/uploadfile/2024/0410/thumb_1_118_74_20240410100353239501.jpg|https://image12025-07-23
Maia Active 与 Salomon 联名 重塑女性户外美学
在当今运动时尚领域,跨界合作早已不是新鲜事,但真正能做到突破常规、启航潮流的却屈指可数。近日,安踏旗下专为亚洲女性设计的运动服饰品牌 Maia Active 与户外运动品牌 Salomon 的联合呈现2025-07-23- 厨房如何“去家务化”?要想好清洁,装修做到这6点!2025-03-07来源:爱空间老房改造关键词:厨房热度:5295厨房是家务的重心,也是打扫卫生的难点,所以我们在装修时要考虑到清洁难度。现在装修讲究2025-07-23
- 在农药残留检测领域,甲醇中丁硫克百威溶液标准物质扮演着至关重要的角色。它不仅用于日常的分析和检测工作,更是仪器校准、分析方法确认与评价、测量过程质量控制及技术仲裁与认证评价等方面不可或缺的基础。一、权2025-07-23
- 中国消费者报武汉讯马文娜记者吴采平)没有检验检测机构,就没有市场经济的健康、持续发展。9月10日,2021年湖北省武汉市检验检测机构开放日活动走进武汉食品化妆品检验所,消费者代表、企业代表和媒体代表等2025-07-23
- 备孕阶段对于准父母来说是一个重要的时期,但是很多人可能没有意识到备孕期间的疲劳对身体健康的影响。疲劳可能是由各种原因引起的,例如工作压力、生活习惯、身体状况等。下面我们将讨论备孕期间的疲劳如何影响身体2025-07-23
最新评论